1 września 1939 roku wybuchła wojna. W niedzielę 3 września na Tarnów spadły pierwsze bomby. Atakowano przede wszystkim dworzec, tory kolejowe i mosty. 5 września w wyniku kolejnego nalotu zniszczono domy przy ulicy Narutowicza, w nocy z 5 na 6 września zbombardowano szpital. W tych dniach wszystkie drogi były pełne uchodźców ze Śląska i Krakowa, a także przemieszczających się na wschód oddziałów wojska i policji, co jeszcze potęgowało nastroje niepewności i niepokoju o przyszłość.
6 września wyjechali z Tarnowa urzędnicy. Powołano samorzutnie Tymczasowy Zarząd Miasta. W jego składzie znaleźli się: Julian Kryplewski , były burmistrz, Edward Okoń , Stanisław Komusiński , Antoni Małecki , oraz księża - Józef Lubelski i Jan Bochenek , proboszcz parafii katedralnej.
Pierwsze oddziały niemieckie wkroczyły do Tarnowa po południu 7 września. Kilka tygodni później, 26 października 1939 roku Niemcy przekazali władzę sprawowaną dotąd przez Wermacht w ręce własnej administracji cywilnej i wprowadzili nowy podział administracyjny zagarniętych ziem. Tarnów znalazł się na obszarze Generalnego Gubernatorstwa i stał się siedzibą powiatu, wchodzącego w skład dystryktu krakowskiego.
Sam okres kampanii wrześniowej nie spowodował na szczęście strat w taborze komunikacyjnym. Wkrótce po zakończeniu wojny obronnej tramwaje z herbem Leliwa znowu pojawiły się na tarnowskich ulicach. Praca "w tramwajach" stanowiła zabezpieczenie przed wywiezieniem na roboty do Niemiec, stwarzała też możliwość uczestniczenia w działaniach konspiracyjnych. Sytuacja zmieniła się diametralnie w roku 1941. Rozpoczęcie wojny niemiecko - radzieckiej spowodowało wzrost zapotrzebowania ze strony okupanta na metale kolorowe. Ponieważ sieć napowietrznych przewodów tramwajowych wykonana była z miedzi, Niemcy nie wahali się jej zdemontować i wywieźć z miasta. W ten sposób wielka historia wpłynęła na dzieje komunikacji w niewielkim mieście. Tramwaje nigdy już nie wróciły na tarnowskie ulice, choć jeszcze raz, po zakończeniu wojny, podjęto zakończoną ostatecznym fiaskiem próbę odtworzenia sieci tramwajowej na terenie miasta. Przez kilka miesięcy po likwidacji linii pracownicy tramwajów miejskich przychodzili jeszcze normalnie do pracy, aż wreszcie w roku 1942 skierowano ich do pracy w innych instytucjach. Niedługo potem los przewodów podzieliły także wagony tramwajowe, które zostały przez Niemców wywiezione z Tarnowa.
Linie tramwajowe zastąpione zostały autobusowymi. Okupanci ściągnęli do miasta dwa stare autobusy, z których jeden kursował na trasie Tarnów - Mościce, a drugi na odcinku z Rzędzina do ulicy Czerwonej. I te wozy zostały jednak w obliczu zbliżającego się frontu wywiezione z miasta w 1944 roku.
Po wojnie przystąpiono do odbudowy zniszczonych zakładów pracy. Rozbudowywały się Zakłady Azotowe, Zmieniły swój charakter funkcjonujące wcześniej jako warsztaty kolejowe Zakłady Mechaniczne, powstała na Piaskówce zupełnie nowa fabryka "Tamel" (wówczas M-7), zlokalizowana z dala od centrum, praktycznie na północnym krańcu ówczesnego miasta. Wszystko to sprawiało, że konieczne stało się uruchomienie zupełnie nowych linii komunikacyjnych, umożliwiających tarnowianom dojazd do pracy.
Pierwszymi środkami komunikacji w powojennym Tarnowie były stare pojazdy z demobilu przerobione na autobusy. W roku 1951 przy Miejskim Przedsiębiorstwie Gospodarki Komunalnej powołano do życia Miejską Komunikację Samochodową. Cała "firma" to było sześciu kierowców i cztery autobusy. Dwie pierwsze linie komunikacyjne wiodły z Rzędzina ulicami: Lwowską, Wałową, Krakowską, do Czerwonej (powrót tą samą trasą) oraz z ulicy Krakowskiej (na wysokości nieistniejącego już dzisiaj kina "Krakus") do Mościc. Autobusy linii nr 1 kursowały teoretycznie co godzinę, kursy do Zakładów Azotowych odbywały się co 45 minut. Teoretycznie - bo stare, wysłużone pojazdy nie zawsze nadawały się do jazdy, bywało, że po czekających na przystanku na dojazd do pracy pasażerów przyjeżdżał zamiast autobusu samochód ciężarowy.
W 1953 roku uruchomiono trzecia linię - do zakładów M-7. Tabor powiększony został o trzy używane pojazdy wycofane z kursowania w Krakowie oraz jeden autobus uzyskany z Chrzanowa.
Stosunkowo szybko, po kilku latach okazało się, że w Tarnowie konieczne jest nie tylko zwiększenie zakresu usług komunikacyjnych, ale i zmiana struktury organizacyjnej. MKS, stanowiąca część innego przedsiębiorstwa przestawała wystarczać. Decyzje reorganizacyjne zapadły w roku 1957. Najpierw stosowną uchwałę podjęła Miejska Rada Narodowa w Tarnowie, później, w grudniu 1957 roku, Wojewódzka Rada Narodowa w Krakowie. Ta ostatnia uchwała stanowiła, że w ciągu kilkunastu dni powstać ma, przynajmniej formalnie, Miejskie Przedsiębiorstwo Autobusowe w Tarnowie. Stało się zgodnie z decyzjami władzy. Nowy rok przyniósł Tarnowowi nowe przedsiębiorstwo, z własną siedzibą i dyrekcją. Dyrektorem MPA został Eugeniusz Niedojadło.
