Początek lat dziewięćdziesiątych przyniósł zmiany gospodarcze, wzrost bezrobocia i - co dla nowej spółki nie bez znaczenia - rozwój transportu indywidualnego. Spadek zapotrzebowania na komunikację zbiorową, a co za tym idzie coraz mniejsza liczba pasażerów wymusiła konieczność ograniczeń również na liniach komunikacji miejskiej. Likwidacji bądź zdecydowanemu skróceniu uległa część linii strefowych, sięgających na tereny gmin, które nie zdecydowały się partycypować w kosztach utrzymania deficytowych usług. W samym Tarnowie natomiast nie tylko modyfikowano istniejące już linie, ale także uruchamiano nowe. W 1994 roku, w związku z rozpoczęciem funkcjonowania Szpitala Wojewódzkiego im. św. Łukasza, uruchomiono linię 42 na trasie Szpital - Osiedle Koszyckie. Trzy lata później nowymi liniami połączono północną i południową część Tarnowa. W roku 2000, wraz z uruchomieniem hipermarketu przy ulicy Błonie wydłużono trasy linii numer 2 i 35.
Wraz z początkiem funkcjonowania spółki rozpoczęto realizację szeregu zadań inwestycyjnych, w tym tych mających na celu poprawę jakości obsługi pasażerów. W 1997 roku przy współudziale właściciela - Gminy Miasta Tarnowa - zakupiono 29 autobusów nowej, jak na tamte czasy, generacji, z automatyczną skrzynią biegów, autokomputerem i ekologicznym silnikiem. W tej grupie znalazły się pierwsze cztery pojazdy niskopodłogowe marki MAN. W tym samym roku rozpoczęto wymianę ogumienia na bezdętkowe i dokonano kompleksowej komputeryzacji wraz z zakupem specjalistycznych programów w budynku administracyjnym przy ulicy Okrężnej. Komputeryzację kontynuowano w następnym roku, poszerzając sieć o zaplecze techniczne, magazyn i zajezdnię eksploatacyjną przy ulicy Lwowskiej, a w 1999 roku połączono obie zajezdnie linią światłowodową.
W 1998 roku spółka wzbogaciła się o nowoczesną myjnię wieloszczotkową z obiegiem zamkniętym. W roku 2000 zakupione zostały dwa niskopojemne autobusy Jelcz L100 i jednocześnie podjęto decyzję o stopniowym przechodzeniu na ekologiczne zasilanie autobusów sprężonym gazem ziemnym CNG.
Od 1 stycznia 2001 roku organizację komunikacji w mieście, w tym m.in. opracowywanie rozkładów jazdy, dystrybucję biletów czy infrastrukturę przystankową przejął Zarząd Komunikacji Miejskiej w Tarnowie. Miejskie Przedsiębiorstwo Komunikacyjne wykonywało przewozy pasażerskie na zlecenie ZKM, początkowe w drodze przetargu z wolnej ręki, a następnie w drodze przetargów nieograniczonych. Rok 2001 to także czas ekspansji prywatnych przewoźników.
Lata 2002 - 2004 przyniosły modernizacje konstrukcyjne 18 autobusów Jelcz PR, z których cztery, przystosowane do zasilania gazem CNG, pod koniec 2004 roku wyjechały na ulice. W tym samym roku w spółce pojawiły się trzy kolejne autobusy niskopodłogowe Jelcz M101, z czego jeden spółka kupiła ze środków własnych, a zakup dwóch pozostałych współfinansowany był przez PFRON.
Kolejne dwa lata to czas kolejnych zakupów. Pojawia się 12 używanych autobusów na gaz marki Volvo, z których osiem zostało włączonych do eksploatacji niemal natychmiast. Zakupiono także cztery nowe, niskopojemne autobusy IVECO. Równocześnie trwał proces przystosowywania posiadanych pojazdów do zasilania gazem CNG, tym razem przy finansowym wsparciu Ekofunduszu. W 2007 roku eksploatowano już 20 autobusów na gaz.
Zbigniew Żmuda, pierwszy prezes zarządu pełnił tę funkcję przez 19 miesięcy - od 1 stycznia 1994 roku do 31 lipca roku 1995. Jego następcą został Wiesław Klisiewicz. Był on prezesem spółki przez dwa lata - do marca 1997 roku. Zastąpił go na tym stanowisku Robert Potępa - prezes MPK do czerwca 2001 roku. Kolejnym prezesem zarządu został Henryk Łabno, a w 2007 roku funkcję tę objął pełniący ją do dzisiaj Jerzy Wiatr.
W roku 2011 komunikacja miejska w Tarnowie obchodzi stulecie. W roku jubileuszu stan posiadania Miejskiego Przedsiębiorstwa Komunikacyjnego to 260 pracowników, połowa mniej, niż 18 lat wcześniej, gdy utworzono spółkę. Większość z nich jest członkami jednego z trzech działających w przedsiębiorstwie związków zawodowych - NSZZ "Solidarność", KNSZZ "Solidarność 80" lub Związku Zawodowego Pracowników MPK.
MPK obsługuje 21 stałych linii autobusowych o łącznej długości 252 kilometry. Po ulicach Tarnowa i sąsiednich gmin kursuje 89 autobusów należących do przedsiębiorstwa.