Pierwsze pisane informacje na temat Ciężkowic pochodzą z lat 20. XII wieku. Legenda mówi o założeniu wsi przez rycerza Cieszka w X wieku, Najstarsze ślady pobytu człowieka na tym terenie sięgają epoki kamiennej - neolitu. Prawa miejskie uzyskały Ciężkowice po raz pierwszy w roku 1348 za panowania Kazimierza Wielkiego, po raz drugi w 1998. Przez 64 lata w XX wieku Ciężkowice istniały jako wieś.
Najstarsze znaleziska archeologiczne z terenu Ciężkowic pochodzą z epoki neolitu. Wiadomo również o osadnictwie z czasów kultury łużyckiej ( tej samej, której przedstawiciele zbudowali gród w Biskupinie) i przeworskiej. Teren pogórza wchodził w skład państwa Wiślan, później Wielkomorawskiego i Czeskiego. Wreszcie - u schyłku X wieku wszedł w skład państwa polskiego. Powstanie wsi wiązano z postacią Cieszka i czasami Mieszka I. To jednak tylko legenda, pierwsza wzmianka o Ciężkowicach pochodzi ze spisu dóbr opactwa tynieckiego w lata 1123 - 1125. Przynależność wsi do dóbr klasztornych potwierdzają kolejne dokumenty papieskie i książęce w wieku XIII. Sytuacja zmieniła się dopiero za panowania Kazimierza Wielkiego, który odebrał wieś benedyktynom, a 29 lutego 1348 roku nadał jej prawa miejskie. Mieszczanie ciężkowiccy w przywileju lokacyjnym uzyskali zwolnienie z wszelkich opłat na 20 lat, by móc zagospodarować nadane im tereny. W tym samym okresie powstałą również parafia z kościołem pw. Świętego Andrzeja. W XV wieku przy parafii powstała pierwsza w Ciężkowicach szkoła i przytułek dla ubogich i sierot. Korzystne położenie, na "szlaku węgierskim", sprzyjało rozwojowi miasta, zwłaszcza jako osrodka rzemiosła i handlu.
Złoty wiek Ciężkowic, podobnie jak całego kraju, to okres panowania ostatnich Jagiellonów. Miasto było ośrodkiem handlowym, działało w nim ponad 100 warsztatów i zakładów rzemieślniczych, istotnym źródłem dochodów mieszkańców było także rolnictwo. Znaczenie miasta spadło jednak w II połowie XVII wieku. Liczba mieszkańców zmniejszyła się trzykrotnie, wojny, pożary, głód i zarazy dopełniły zniszczenia. W 1772 Ciężkowice i okoliczne miejscowości weszły w skład państwa austriackiego. Austriacy zweryfikowali pozytywnie status Ciężkowic jako miasta. Kolejne zmiany wiązały się z ważnymi wydarzeniami XIX wiecznej Galicji - likwidacją pańszczyzny (1848), reformą administracyjną, powołaniem samorządów (1867). Ważnym wydarzeniem dla miasta była również budowa linii kolejowej Tarnów - Nowy Sącz oraz utworzenie pierwszego banku w roku 1905.
W początkach I wojny kilkakrotnie w pobliżu Ciężkowic toczyły się walki z armią rosyjską. Rosjanie zajęli miasto już listopadzie 1914 roku, dopiero w maju roku 1915 udało się przełamać front i odepchnąć Rosjan na wschód. Pamiątka po tragicznych wydarzeniach lat 1914 - 1914 jest sześć cmentarzy wojennych z tamtego okresu, do dziś znajdujących sie na terenie gminy Ciężkowice.
Najważniejszym wydarzeniem okresu międzywojennego była niewątpliwie utrata praw miejskich w roku 1934. W tym okresie mieszkało w Ciężkowicach niewiele ponad dwa tysiące ludzi, żyjących głównie z rolnictwa.
Okupacja hitlerowska rozpoczęła się w Ciężkowicach 7 września 1939 roku. Wieś została zajęta przez siły niemieckie atakujący od strony Słowacji. W październiku tego roku cały powiat tarnowski włączony został do Generalnego Gubernatorstwa. Duże wpływy, jakie posiadało na tym terenie Stronnictwo Ludowe spowodowały, iż silną organizację konspiracyjną utworzyły Bataliony Chłopskie, W rejonie Tuchowa i Ciężkowic działał w ramach planu "Burza" I batalion 16 pułku piechoty Armii Krajowej "Barbara". Batalion we wrześniu 1944 stoczył kilka potyczek z żandarmerią niemiecką oraz bitwę na Jamnej, po której oddział podzielono, a wieś została spacyfikowana przez Niemców. Ciężkowice zostały wyzwolone przez Armię Czerwoną 17 stycznia 1945 roku.
Po 64 latach przerwy 1 stycznia 1998 wieś uzyskała ponownie prawa miejskie. Ich ponowne, uroczyste nadanie miało miejsce w 650 rocznicę przywileju Kazimierza Wielkiego - 28 lutego 1998 roku.
