Na terenie dzisiejszego Wojnicza ludzie mieszkali właściwie "od zawsze", ale początki miasta sięgają wieku X, kiedy powstał gród. Wtedy również prawdopodobnie pojawiła się nazwa Wojnicz - od słowa "woj", członek drużyny rycerskiej. Nie wiadomo dokładnie kiedy formalnie Wojnicz uzyskał prawa miejskie, stało się to jednak zapewne w XIII wieku, za czasów Bolesława Wstydliwego. Status miejski utracił Wojnicz po 700 latach, w okresie międzywojennym, odzyskał po kolejnych kilkudziesięciu latach, w roku 2007. Przez cały ten czas miasto przeżywało zmienne koleje losu, tak charakterystyczne dla całej polskiej historii.
Historia Wojnicza związana jest od początku z dziejami państwa polskiego. Choć ślady osadnictwa na tym terenie są oczywiście starsze, ale to w X wieku pojawił się gród i nazwa - Wojnicz, pochodząca od słowa "woj " , czyli członek książęcej drużyny rycerskiej. Gród leżał na skrzyżowaniu szlaków handlowych z Krakowa na wschód i z Węgier na północ. To powodowało szybki wzrost znaczenia Wojnicza, włodarz grodu zarządzał w imieniu władcy terenem aż obecnej południowej granicy państwa polskiego, a na wschodzie do okolic Gorlic. Kolejny awans Wojnicza przyszedł w XII wieku, kiedy to powstała kasztelania. W roku 1239 w Wojniczu właśnie, choć formalnie nie był on jeszcze miastem, możnowładcy małopolscy witali przybywającą z Węgier Kingę, przyszłą żonę księcia Bolesław Wstydliwego. Okres panowania Bolesława Wstydliwego przyniósł Wojniczowi awans do rangi miasta. Kiedy dokładnie fakt ten miał miejsce - nie wiadomo, gdyż akt lokacji nie zachował się, ale z innych dokumentów wiadomo, że stało się to przed rokiem 1278, co czyni z Wojnicza jedno z najstarszych miast w południowej Polsce. W tym samym czasie utworzono dekanat wojnicki, a w kolejnym stuleciu miasto stało się siedzibą powiatu. Kasztelania wojnicka pełniła na tyle istotną rolę, że kasztelan wojnicki posiadał jedną z najwyższych pozycji w państwie polskim.
Kolejne dwa stulecia to czas rozkwitu miasta, rozwoju handlu, rzemiosła, szkolnictwa, a także powstania kolegiaty wojnickiej. W Wojniczu odbywały się sejmiki szlacheckie i pospolite ruszenia. Załamanie przyszło pod koniec XVI wieku, a kilkadziesiąt lat później miasto zostało dodatkowo zniszczone w czasie "potopu" szwedzkiego. Najpierw w roku 1655 doszło tu do bitwy ze Szwedami, dwa lata później miasto złupiły wojska księcia Siedmiogrodu.
Kolejne ożywienie przyszło w drugiej połowie XVII wieku, znowu kupcy z Wojnicza docierali na Węgry, rozwijało się szkolnictwo i rzemiosło. Okres ten przerwany został przez pierwszy rozbiór Polski, gdy miasto znalazło się w granicach monarchii austriackiej. Dalszy upadek miasta przyniosła w XIX wieku budowa linii kolejowej Kraków - Lwów, która ominęła Wojnicz.
Na przełomie XIX i XX wieku miasto ponownie zaczęło się odradzać. Powstał Sąd Powiatowy, urząd pocztowy, bank, apteka, straż pożarna, w mieście działało aktywnie Towarzystwo Gimnastyczne "Sokół", którego kilkunastu członków znalazło się w 1914 roku w szeregach Legionów Józefa Piłsudskiego.
W I wojnie światowej Wojnicz, podobnie jak cały region, znalazło się już w roku 1914 na linii frontu, ostrzał artyleryjski zniszczył wiele budynków w mieście. Front odsunął się na wschód w maju 1915 roku, a po zakończeniu działań wojennych znowu przyszły dla miasta i jego mieszkańców lepsze czasy. Jednak mimo tego ożywienia w latach 30. XX wieku Wojnicz, mimo protestów mieszkańców, utracił prawa miejskie. Śladem miejskiej świetności pozostał jedynie Rynek w centrum wsi.
Okupacja niemiecka rozpoczęła się w Wojniczu 6 września 1939 roku, zakończyła 18 stycznia 1945 roku. Okres PRL uznawany jest za nie najlepszy czas dla Wojnicza, sytuacja zmieniła się radykalnie dopiero po 1989 roku. Nowe władze samorządowe rozpoczęły realizację szeregu inwestycji niezbędnych do rozwoju lokalnej społeczności - telefonizację, wodociągowanie, kanalizację, inwestycje oświatowe, budowę obwodnicy.
1 stycznia 2007 roku Wojnicz odzyskał prawa miejskie. Uroczystość z tej okazji odbyła się 18 stycznia 2007 z udziałem m. in. Jarosława Kaczyńskiego, ówczesnego premiera rządu RP.
